W swojej twórczości inspiruje się głównie malarstwem drugiej połowy XIX i początkiem XX wieku. Tematami jej obrazów były zawsze wiejskie pejzaże, architektura, portrety, zwierzęta, kwiaty. Jednak najliczniejszą liczbę stanowią pracę o tematyce morskiej, w których artystka stara się być kontynuatorką tradycji marynistycznej w malarstwie polskim.

Dorobek artystyczny Magdaleny Jakubowskej to 10 wystaw indywidualnych i kilka zbiorowych. Jej prace prezentowane były w prestiżowych galeriach m.in.: Trójmiasta, Warszawy, Poznania i Szczecina. Kolekcja 20 obrazów marynistycznych znajduje się w zbiorach szweckiej firmy działającej w branży okrętowej. Ponadto wiele innych prac wypełnia kolekcje prywatne w Polsce, Niemczech, Norwegii, Szwajcarii, USA i Kanadzie.